|
DỰ ĐOÁN EPITOPE TẾ BÀO B KHÔNG LIÊN TỤC TRÊN PROTEIN
MATRIX CỦA VIRUS H5N1 PHỤC VỤ PHÁT TRIỂN VẮCXIN IN
SILICO
Trần Ngọc Vinh, Võ Cẩm Quy, Trần Linh Thước
Khoa Sinh học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-Tp. HCM
Tóm tắt
Hiện nay các phương pháp dự đoán epitope tế bào B đa số đều
tập trung vào dự đoán epitope liên tục. Trong khi đó epitope không liên tục
chiếm đến 90% trong tổng số, tuy nhiên việc dự đoán phải dựa trên cấu trúc nên
rất khó khăn. Bên cạnh đó, lượng dữ liệu thực nghiệm về cấu trúc protein cũng
như cấu trúc epitope còn ít cũng là một thách thức cho việc dự đoán epitope
không liên tục. Chúng tôi đã xử dụng phương pháp mô hình hóa tương đồng để tạo
ra cấu trúc cho các protein matrix của virus H5N1, sau đó sử dụng các cấu trúc
này để dự đoán epitope không liên tục. Chúng tôi so sánh kết quả với các epitope
dự đoán bằng server CEP (Conformational Epitope Prediction), có 60 trên 72 vị
trí dự đoán giống với kết quả từ CEP. Kết quả cho thấy phương pháp này có khả
năng dự đoán tốt các peptide thuộc epitope không liên tục.
Từ khóa: Epitope tế bào B không liên tục, protein matrix,
H5N1
DISCONTINUOUS B-CELL EPITOPE PREDICTION OF MATRIX
PROTEIN OF H5N1 VIRUS FOR VACCINE DEVELOPMENT IN SILICO
Tran Ngoc Vinh, Vo Cam Quy, Tran Linh Thuoc
Faculty of Biology, University of Science, VNU-HCMC
Abstract
Most of the B-cell epitope prediction methods today focus on
predicting continuous epitope, whereas discontinuous epitope makes up 90% of
total quantity. The fact that prediction has to depend on structure has caused
very much difficulty. In addition, the small amount of experimental facts on
structures of protein as well as epitope is also a challenge to discontinuous
epitope prediction. We have used the homology modeling method to generate the
structure of matrix protein of H5N1 virus, then predicting discontinuous epitope
from these structures. We compared the results with CEP (Conformational Epitope
Prediction) server, and there were 60/72 residues having the same results as
epitope predicted by CEP. The result shows that the peptides of discontinuous
epitope can be well predicted by our mehod.
Key words: Discontinuous B-cell epitope, matrix protein, H5N1
|
