XÁC ĐỊNH VÙNG BẢO TỒN CHỨC NĂNG VÀ DỰ ĐOÁN EPITOPE
TẾ BÀO T TRÊN CÁC PROTEIN VIRUS CÚM A
Văn Hải Vân, Vũ Thị Bích, Lê Thị Thanh Thủy,
Cao Thị Ngọc Phượng, Trần Linh Thước
Khoa Sinh học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-Tp. HCM
 

Tóm tắt
    Virus cúm A hiện đang là mối quan tâm toàn cầu do sự biến đổi nhanh chóng không ngừng về cấu trúc di truyền. Dựa trên các cơ sở dữ liệu thực nghiệm virus cúm A, chúng tôi đã tiến hành phân tích các vùng bảo tồn chức năng trên các protein của virus nhằm hỗ trợ cho quá trình thiết kế văcxin đa trị và dự đoán xu hướng biến đổi của các chủng virus. Nghiên cứu được thực hiện trên 11 protein chức năng là HA, NA, MP, NS1, NS2, M1, M2, NP, PB1, PB1_F2 và PB2. Từ các nhóm chức năng, các trình tự protein được phân nhóm theo các subtype, vật chủ, quốc gia và năm phân lập, sau đó được thực hiện sắp gióng cột nhiều trình tự bằng hai công cụ ClustalW và MAFFT. Các trình tự bảo tồn dài 9 amino acid được chọn để dự đoán epitope tế bào T bằng hệ thống dự đoán SEP (System for Epitope Prediction). Ngoài ra, chúng tôi cũng đã thực hiện việc dự đoán chức năng của các vùng bảo tồn này dựa trên thông tin chức năng của protein virus cúm A từ cơ sở dữ liệu SWISSPROT.
    Từ khóa: epitope bảo tồn, virus cúm A, văcxin đa trị, văcxin in silico, khai khoáng dữ liệu
 

INDENTIFYING FUNCTIONALLY CONSERVED REGIONS AND PREDICTING
T- CELL EPITOPES ON PROTEINS OF INFLUENZA A VIRUS
Van Hai Van, Vu Thi Bich, Le Thi Thanh Thuy,
Cao Thi Ngoc Phuong, Tran Linh Thuoc
Faculty of Biology, University of Science, VNU-HCMC
 

Abstract
    Influenza A viruses are of worldwide concerns because of their rapidly and endlessly genetic changes. Based on the experimental influenza A virus databases, we analyzed conserved regions on the protein sequences of influenza A virus to facilitate the design of universal vaccine and the prediction of changing tendency of influenza A viral strains. Our study was carried out on eleven viral functional proteins: HA, NA, MP, NS1, NS2, M1, M2, NP, PB1, PB1_F2 and PB2. From these groups, clusters were formed on subtypes, hosts, countries and years of collection, followed by multiple sequence alignments by the two tools ClustalW and MAFFT. Conserved sequences of 9 amino acid residues were selected and used for T-cell epitope prediction by SEP (System for Epitope Prediction). In addition, we also predicted the function of these conserved regions using information on function of influenza A viral proteins from the SWISSPROT database.
    Key words: conserved epitope, influenza A virus, universal vaccine, vaccine in silico, data mining